Die auf dem Ähnlichkeitsgesetz basierenden Heilkunst nannte Hahnemann Homöopathie. Als Allopathie bezeichnete er die Therapieverfahren, die entsprechend dem Gegensatzprinzip Symptome mit Gegenmittel behandeln (z.B. Fieber mit fiebersenkenden Mitteln, rheumatische Beschwerden mit Antirheumatika).

Die Homöopathie begreift Krankheit als Störung einer geistartigen Lebenskraft. Aufgrund dieser Verstimmung der Lebenskraft sind auch lokale Erkrankungen als untrennbarer Teil des Ganzen anzusehen und stehen im Zusammenhang mit der Krankheit des übrigen Körpers.

Da nach Hahnemann die eigentliche, d.h. die innere unsichtbare Krankheitsursache nie wirklich ergründet werden kann, gilt den äußeren Symptomen (die nicht die Krankheit sind) die Aufmerksamkeit; die Veränderungen im körperlichen und seelischen Befinden erfordern eine genauer Beobachtung durch den Arzt, den Patienten und dessen Umgebung. Die Therapie erfolgt nach der Ähnlichkeitsregel.

Die Ähnlichkeitsregel besagt folgendes:
Eine Behandlung mit dem Arzneimittel, dass beim gesunden Menschen die meisten ähnlichen Symptome zu erzeugen, vermag - in besonderer, potenzierter Form verabreicht - die Krankheit zu heilen (Similia similibus curentur)
Die Therapie mit Gegenmitteln (contraria contrarius, zum Beispiel Schmerzen, Schlaflosigkeit, Diarrhöe mit Opium) lehnt Hahnemann wegen der Gefahr der langfristigen Verschlimmerung oder der Entstehung neuer Krankheiten ab. In Notfällen ist sie jedoch ausdrücklich erlaubt.

Die Homöopathie kennt im Gegensatz zur Schulmedizin keine Kausalitäten, sondern nur Korrelationen. Sie beobachtet beispielsweise, dass ein Patient, der wegen körperlicher Schwäche mit Kollaps Neigung ärztliche Hilfe sucht, eine starke Kälteempfindlichkeit aufweist, merkwürdigerweise aber ein großes Verlangen nach frischer Luft und gleichzeitig eine Abneigung gegen fette Speisen hat. Der Arzt vergleicht die Symptome mit den Symptomen der ihm bekannten homöopathischen Arzneimittel und stellt fest, dass Carbo vegetabilis diesen Symptomen am nächsten kommt.

Es wird also versucht, eine Analogie zwischen Patientenschilderung und Befund einerseits und dem Arzneimittel andererseits herzustellen. In ganzheitlicher Sicht bringt man Symptomenbild und Arzneimittelbild zur Deckung.

So können Kopfschmerzen mit verschiedenen homöopathischen Mitteln behandelt werden, z.B. mit Apis, Belladonna, Gelsemium, Nux vomica. Würden beispielsweise alle Patienten Belladonna erhalten, so ist der Erfolg nur bei denjenigen gegeben, die von ihrer gesamten Symptomatik her Belladonna Symptome haben. Bei allen anderen wirkt Belladonna nicht.

Die homöopathischen Mittel werden nach den Arzneimittel-Prüfungen, die am Menschen durchgeführt werden, in die Materia Medica aufgenommen. Die Materia Medica ist eine Sammlung der Arzneimittel-Prüfungssymptome, wobei die Arzneimittel nur am gesunden Menschen geprüft werden.
Man findet diese Arzneimittel über die Anamnese, die nach besonderen Regeln der Homöopathie durchgeführt wird.
Man vergleicht dann das Ergebnis der Anamnese mit den Einträgen im Repertorium, welches eine Sammlung aller Symptome ist, woraufhin man dann eine Differenzialdiagnose zwischen den Arzneien der Materia Medica erstellt.

Wichtig ist es also für das Erlernen der Homöopathie, dass man die Arzneimittel Bilder lernt, um eine genaue Verschreibung machen zu können.

Außerdem ist es absolut notwendig, die Gesetze der Homöopathie und des Organon zu studieren. Nur nach ausgiebigem Studium der Homöopathie ist der Therapeut in der Lage das richtige Mittel zu verschreiben.

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